5. phoretix Array， Nonlinear Dynamics公司的基因片综分析软件。能分析高密度DNA和蛋白，每块微阵列可以被分成小块或按用户的网格排列。

二、质粒绘图

1. ApE- A Plasmid Editor，适用于Windows，Linux/Unix。读取DNA Strider,，Fasta，GeneBank，EMBL文件格式，在图中显示翻译，Tm，CG含量，ORF等信息。

2. BVTech Plasmid，BVTech Plasmid是用于DNA序列分子和质粒绘图的收费软件，运行在Windows系统上。

3. gene construction kit， 一款功能强大的收费软件，除了常用的质粒绘图工具还可以制作并显示克隆策略中的分子构建过程，包括质粒构建，模拟电泳条带。绘出的质粒图还可以继续用来构建克隆策略图谱。功能多，使用时略有不便，要花时间研究一下。

3. NoeClone，软件拥有强大的虚拟克隆，模拟凝胶电泳，绘制克隆流程图以及质粒图谱以及序列图谱的显示和分析功能。同时拥有中文操作界面。

4. EZ PLASMID MAP，在线质粒绘图工具。

5. PlasMapper，在线质粒绘图工具。

6. NetPlasmid，在线质粒绘图工具。

三、RNA二级结构

1. RnaViz，一款界面友好的RNA二级结构图绘制程序。可生成用于文章发表的，高质量的二级结构图。

2. RNA Structure 5.2，RNA和DNA二级结构分析、预测工具。同行也可用于预测生物分子、寡核苷酸与目标RNA之间的结合力。Mac OS-X系统使用JAVA编写的图形化界面，命令行方式适用于Max OS-X, Linux和Windows。

3. RNAdraw， 结合了RNA二级结构计算和分析。

4. CLC RNA Workbench， 采用自由能量zui小化算法预测RNA结构。提供给用户一个友好的界面来完成复杂的运算工作。

四、引物设计

1. Primer Premier，PREMIER Biosoft开发的专业用于PCR或测序引物以及杂交探针的设计，评估的软件，主要界面有序列编辑窗口（Genetank），引物设计窗口（Primer Design），酶切分析窗口（Restriction Sites）和纹基分析窗口（Motif）。可以简单地通过手动拖动鼠标以扩增出相应片段所需的引物，而在手动的任何时候，下面显示各种参数的改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等。也可以给定条件，让软件自动搜索引物，并将引物分析结果显示出来。

2. Oligo，用于引物分析的软件，主要应用于核酸序列引物分析设计软件，同时计算核酸序列的杂交温度（Tm）和理论预测序列二级结构。

五、蛋白分析

1. InterViewer，显示和分析蛋白交互作用软件，据其介绍，运行速度比其他软件快许多。

2. GPMAW，蛋白质质谱与序列分析软件。

3. ProteoWizard，蛋白质组学数据分析，跨平台的开源软件。

4. ANTHEPROT，蛋白序列分析软件包包括了蛋白质研究领域所包括的大多数内容。应用此软件包，使用个人电脑，便能进行各种蛋白序列分析与特性预测,包括：进行蛋白序列二级结构预测；在蛋白序列中查找符合PROSITES数据库的特征序列；绘制出蛋白序列的所有理化特性曲线；在Internet或本地蛋白序列数据库中查找类似序列；计算蛋白序列分子量，比重与各蛋白残基百分组成；计算蛋白序列滴定曲线与等电点；选定一个片段后，绘制Helical Wheel图；进行点阵图（Dot Plot）分析；计算信号肽潜在的断裂位点等功能。

5. WinPep，分析蛋白序列的工具软件。

六、DNA分析

1. WinGene，DNA序列分析。

2. ChromasPro，序列查看、修改软件。可以打开可打开ABI、SCF、FASTA、EMBL、GenBank、SwissProt、 GenPept、GCG RSF等格式的序列文件。从事测序工作的基本工具软件。

3. gbench，NCBI开发的分析序列数据软件平台。使用gbench 可以查询NCBI公开序列数据和自己的序列数据，进行各种分析。

4. Sequence Viewer，NCBI开发的DNA序列图形显示软件。

5. BiQ Analyzer，DNA甲基化分析软件。

6. Chromatogram Explorer，显示、处理序列层析图谱文件软件。下载的软件包中还包括其他免费相关软件，如ABI,FASTA,multi-FASTA格式转换工具。

7. CisGenome Browser，基因组数据显示、分析软件，整合了tiling array, ChIP-seq, genome and cis-regulatory分析等功能。

8. DNA Baser Sequence Assembler，DNA序列装配、分析、格式转换软件。